1938年12月1日，經(jīng)國民政府教育部批準(zhǔn)建廠，定名國立藥學(xué)?？茖W(xué)校附設(shè)實(shí)驗(yàn)廠，定址重慶磁器口鎮(zhèn)。校長孟目的兼任廠主任。
1938年，生產(chǎn)出第一個產(chǎn)品：硫酸鎂。
1940年5月，趕制5萬粒防疫人丹，避免瘟疫的爆發(fā)。生產(chǎn)藥用氯化鈉，為前方戰(zhàn)士提供消毒傷口和能源補(bǔ)給的必備藥品。
1941年8月23日，日軍飛機(jī)轟炸磁器口鎮(zhèn)，本廠遭炸，損失嚴(yán)重。
1946年7月，本廠隨校遷移至南京。金理文任廠主任。
1948年下半年恢復(fù)生產(chǎn)。
1949年10月，軍管會派軍事聯(lián)絡(luò)員王金城兼任國立藥專黨委支部書記，本廠仍為國立藥專附設(shè)實(shí)驗(yàn)藥廠