1950年6月，國立藥專改名為華東藥學(xué)?？茖W(xué)校，本廠更名為華東藥科?？茖W(xué)校實驗藥廠，隸屬于華東軍政委員會衛(wèi)生部。下半年，本廠招收臨時工20多人，擴大生產(chǎn)，產(chǎn)品有氯化銨、硫酸鈉、藥用氯化鈉、氫氧化鋁等，年總產(chǎn)值達20噸。
1952年9月，本廠隨校更名為華東藥學(xué)院實驗藥廠
1957年7月，本廠隨校更名為南京藥學(xué)院實驗藥廠
1959年，本廠在國內(nèi)首創(chuàng)四氯乙烯膠丸和一氧化碳檢定管
1963起，實行獨立核算、自負盈虧，成為實行企業(yè)管理的校辦工廠。
1965年，承擔(dān)由衛(wèi)生部下達的援助坦桑尼亞建設(shè)制藥車間的項目，制作安瓿洗滌機、甩水機等設(shè)備。
1977年，工業(yè)總產(chǎn)值超240萬元